Thuốc nhuộm phát sáng tại bước sóng ngắn hơn 900 nano mét cùng mức mà tại đó các mô sinh học phát sáng tự nhiên. Do vậy, trong những hình ảnh thu được từ phương pháp dùng thuốc nhuộm thì thường khó phân biệt giữa chuột và thuốc nhuộm. Vì các ống nano phát sáng trong khoảng từ 1.000 đến 1.400 nano mét, nên mức độ nhiễu của các hình ảnh thu được nhờ sử dụng các ống nano là rất nhỏ. Các hình ảnh còn sắc nét hơn do mô sinh học phân tán ít ánh sáng tại các bước sóng dài.

Ngoài ra, có thể điều chỉnh bước sóng tại đó các ống nano phát sáng. Sau đó, qua qui trình “phân tích thành phần chính”, có thể phân biệt giữa các tín hiệu tinh vi khác nhau, tạo ra những hình ảnh trong đó các cơ quan nội tạng xuất hiện với màu sắc không giống nhau.

Các kỹ thuật như chụp ảnh cộng hưởng từ (MRI) và chụp X quang bằng máy tính có thể thu các hình ảnh bên trong cơ thể ở vị trí sâu hơn so với các ống nano, nhưng đòi hỏi máy móc hiện đại thường không có trong các thử nghiệm thuốc mới trên chuột.